清水 顕史 (シミズ アキフミ)

SHIMIZU Akifumi

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職名

准教授

研究分野・キーワード

遺伝育種学

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ホームページ

http://www.eonet.ne.jp/~vor-dem-gesetz/index.html

プロフィール

研究課題(研究概要)
三大栄養素の一つであるリンは、欠乏すると生育障害が起こり作物生産上の問題となります。一方でリンは土壌中で植物が利用できない不可給態になり易く、過剰な施肥は水質汚染を招いてしまいます。そのため、植物の持つリンの利用効率を遺伝的に向上させることは、環境への負担の少ない持続的な農業を行う上で、また植物資源による環境修復を実現させる上で重要なことです。リン酸の利用効率をはじめとして植物資源中に存在する様々な有用形質を、持続的農業や環境保全に利用するため遺伝育種学的手法および植物栄養生理学的手法を用いて研究を進めていきます。
研究業績等(概要)
栄養ストレス耐性のイネ遺伝研究に関する論文発表、7報

発現遺伝子の解析手法に関する論文発表や共同研究、4報

汎用電気泳動システムの開発に関連する論文発表、3報

出身学校 【 表示 / 非表示

  • 京都大学  農学部  農学専攻  1996年03月

出身大学院 【 表示 / 非表示

  • 京都大学  農学研究科  博士課程  2002年03月

取得学位 【 表示 / 非表示

  • 博士(農学)  京都大学  2005年03月

学内職務経歴 【 表示 / 非表示

  • 滋賀県立大学  環境科学部  生物資源管理学科  准教授   2013年04月 ~ 現在

  • 滋賀県立大学  環境科学部  生物資源管理学科  助教   2007年04月 ~ 2013年03月

  • 滋賀県立大学  環境科学部  生物資源管理学科  助手   2006年04月 ~ 2007年03月

学外略歴 【 表示 / 非表示

  • 日本大学生物資源科学部  研究員   2003年10月 ~ 2006年03月

  • スタッフジャパン(派遣先は農業生物資源研究所)  大学等非常勤研究員   2003年06月 ~ 2003年10月

  • 農業生物資源研究所  大学等非常勤研究員   2000年11月 ~ 2003年05月

所属学会・委員会 【 表示 / 非表示

  • 育種学会  幹事

  • 土壌肥料学会  

研究分野(科研費分類) 【 表示 / 非表示

  • 遺伝育種科学

 

研究テーマ 【 表示 / 非表示

  • イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発

    リン欠乏ストレス

  • 環境保全型イネのゲノム育種に役立つ、酸性土壌ストレス耐性の遺伝子単離と機能解析

    低リン耐性

  • 地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種

    新農業展開ゲノムプロジェクト

  • 環境保全型農業のための、イネのリン欠乏ストレス応答形質の単離と機能解析

    イネ、リン欠乏ストレス応答

  • 大規模EST情報からの遺伝子発現パターンを利用した有用遺伝子の探索手法の開発

    発現遺伝子解析、大量データの解析プログラミング、データマイニング

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論文 【 表示 / 非表示

  • Evidence for rice Heading date 16 contribution to yield increase under low-nutrient conditions

    Tanaka N., Yoshida S., Takagi H., Terauchi R., Shimizu A., Fujiwara T.

    Soil Science and Plant Nutrition  Soil Science and Plant Nutrition  65 (6)   589 ~ 597  2019年11月

    10.1080/00380768.2019.1647081  共著  

    [概要]

    © 2019, © 2019 Japanese Society of Soil Science and Plant Nutrition. Breeding new rice cultivars that are tolerant to low-nutrient condition is a solution to saving the usage of commercial fertilizer. We isolated Hitomebore EMS mutant, 520-6. Seedling growth of 520-6 is tolerant to low-nutrient supply, especially to low phosphorus (low P) supply and genetic mapping revealed the existence of nonsynonymous substitution within Os03g0793500 9th exon in 520-6. Os03g0793500 is reported as Heading date 16 (Hd16)/Early flowering1 (EL1), which is related with the rice flowering pathway. Hd16/EL1 encodes a casein kinase-I protein, and phosphorylates the floral repressor Ghd7 and the rice DELLA protein Slender rice 1 (SLR1). 520-6 carries the same nonfunctional Hd16 allele to that of Koshihikari, and the parental cultivar, Hitomebore, carries the functional Hd16 allele, as with Nipponbare. mRNA accumulation of GA-biosynthesis-related gene, OsGA2ox3 was enhanced in 520-6 compared with Hitomebore, indicating that Hd16 takes a part in feedback regulation of the GA biosynthetic gene. 520-6 and near-isogenic line (NIL) with nonfunctional Hd16 allele showed heavy straw weight and panicle weight in paddy fields with low nitrogen input and no fertilizer application in Kashimadai at Miyagi prefecture and Hikone at Shiga prefecture, respectively. In addition, plants with nonfunctional Hd16 allele showed late flowering phenotype in all tested fields. These results imply that disruption of Hd16 contributes to the improvement of rice growth by positively regulating GA signaling and late flowering, which resulted in increased rice yield under low-nutrient conditions.

  • Suppression of a NAC-like transcription factor gene improves boron-toxicity tolerance in rice (Oryza sativa L.)(共著)

    Ochiai, K., Shimizu A., Okumoto Y., Fujiwara T., and Matoh T.

    American Society of Plant Biologists  Plant Physiology  156 (3)   1457 ~ 1463  2011年07月

    10.1104/pp.110.171470  共著  共同(副担当)

  • Genetic analysis of root elongation induced by phosphorus deficiency in rice (Oryza sativa L.) : fine QTL mapping and multivariate analysis of related traits.

    Shimizu A., Kato K., Komatsu A., Motomura K., Ikehashi H.

    Springer  Theoretical and Applied Genetics  117 (6)   987 ~ 996  2008年10月

    10.1007/s00122-008-0838-8  共著  共同(主担当)

  • Discovery of high-confidence SNPs from large-scale de novo analysis of leaf transcripts of Aegilops tauschii, a wild wheat progenitor

    Iehisa J.C.M., Shimizu A., Sato K., Nasuda S., Takumi S.

    OXFORD JOURNALS  DNA Research  19 (6)   487 ~ 497  2012年12月

    10.1093/dnares/dss028  共著  共同(主担当)

  • Boron toxicity in rice (Oryza sativa L.). I. Quantitative Trait Locus (QTL) analysis of tolerance to boron toxicity.(共著)

    Ochiai K., Uemura S., Shimizu A., Okumoto Y., Matoh T.

    Springer  Theoretical and Applied Genetics  117 (1)   125 ~ 133  2008年06月

    10.1007/s00122-008-0758-7  共著  共同(副担当)

  • Genome-wide marker development for the wheat D genome based on single nucleotide polymorphisms identified from transcripts in the wild wheat progenitor Aegilops tauschii

    Iehisa J.C.M., Shimizu A., Sato K., Nishijima R., Sakaguchi K., Matsuda R., Nasuda S., Takumi S.

    Springer  Theoretical and Applied Genetics  127 (2)   261 ~ 271  2014年02月

    10.1007/s00122-013-2215-5  共著  共同(副担当)

  • A new method for gene discovery in large-scale microarray data (共著)

    Yano K., Imai K., Shimizu A., Hanashita T.

    Oxford Journal  Nucleic Acids Research  34 (5)   1532 ~ 1539  2006年04月

    10.1093/nar/gkl058  共著  共同(主担当)

  • QTLs for nutritional contents of rice seedlings (Oryza sativa L.) in solution cultures and its implication to tolerance to iron-toxicity. (共著)

    Shimizu A., Guerta C.Q., Gregorio G.B., Kawasaki S., Ikehashi H.

    Springer  Plant and Soil  275 (41276)   57 ~ 66  2005年11月

    10.1007/s11104-004-4683-5  共著  共同(主担当)

  • OryzaExpress: An Integrated Database of Gene Expression Networks and Omics Annotations in Rice(共著)

    Kazuki Hamada, Kohei Hongo, Keita Suwabe, Akifumi Shimizu, Taishi Nagayama, Reina Abe, Shunsuke Kikuchi, Naoki Yamamoto, Takaaki Fujii, Koji Yokoyama, Hiroko Tsuchida, Kazumi Sano, Takako Mochizuki, Nobuhiko Oki, Youko Horiuchi, Masahiro Fujita, Masao Watanabe, Makoto Matsuoka, Nori Kurata, and Kentaro Yano

    Oxford journals  Plant & Cell Physiology  52 (2)   220 ~ 229  2011年02月

    10.1093/pcp/pcq195  共著  共同(副担当)

  • QTL analysis of genetic tolerance to iron-toxicity in rice (Oryza sativa L.) by quantification of bronzing score.

    Shimizu A.

    Taylor & Francis  Journal of New Seeds  10 (3)   171 ~ 179  2009年09月

    10.1080/15228860903064989  単著  

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著書 【 表示 / 非表示

  • Genome and transcriptome analyses for acid tolerance in rice

    Shimizu A., Kato K., Komatsu A., Ikehashi H. 他

    SHOUKADOH Book Sellers  150p  2008年02月

    単行本(学術書)  共著

  • Construction of High-Density Map, Genome Library, and Saturation Mapping of Nodulation Genes. In: Biotechnology in Agriculture and Forestry, Vol52: 183-202

    Kawasaki S., Murakami Y., Imaizumi-Anraku H., Shimizu A., Mikami I. その他

    Springer-Verlag  268p  2003年01月

    単行本(学術書)  共著

研究シーズ 【 表示 / 非表示

  • 栄養ストレス強靭化に寄与する野生イネ遺伝資源の探索

 

競争的資金(科学研究費補助金・振興調整費・JSPS等) 【 表示 / 非表示

  • 貧栄養ストレス耐性イネ品種開発のためのゲノム解析

    滋賀県立大学  科学研究費補助金 基盤研究(C   2016年04月 ~ 2017年03月

  • 貧栄養ストレス耐性イネ品種開発のためのゲノム解析

    滋賀県立大学  科学研究費補助金 基盤研究(C   2015年04月 ~ 2016年03月

  • 貧栄養ストレス耐性イネ品種開発のためのゲノム解析

    滋賀県立大学  科学研究費補助金 基盤研究(C   2014年04月 ~ 2015年03月

  • 環境保全型イネのゲノム育種に役立つ、酸性土壌ストレス耐性の遺伝子単離と機能解析

    滋賀県立大学  科学研究費補助金 基盤研究(C   2012年04月 ~ 2013年03月

  • 環境保全型イネのゲノム育種に役立つ、酸性土壌ストレス耐性の遺伝子単離と機能解析

    滋賀県立大学  科学研究費補助金 基盤研究(C   2011年04月 ~ 2012年03月

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受託研究・共同研究・技術開発センタープロジェクト 【 表示 / 非表示

  • イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発

    東京大学  受託研究   2016年04月 ~ 2017年03月

  • イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発

    東京大学  受託研究   2015年04月 ~ 2016年03月

  • イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発

    東京大学  受託研究   2014年04月 ~ 2015年03月

  • イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発

    東京大学  受託研究   2013年04月 ~ 2014年03月

  • 地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種

    名古屋大学  受託研究   2012年04月 ~ 2013年03月

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学部講義等担当 【 表示 / 非表示

  • 遺伝学   2013年04月 ~ 2016年03月

  • 植物遺伝資源学   2013年04月 ~ 2016年03月

  • 生物資源管理学実験・実習Ⅱ   2010年04月 ~ 2016年03月

  • 生物資源管理学概論   2010年04月 ~ 2016年03月

  • 環境フィールドワークⅡ   2010年04月 ~ 2016年03月

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大学院講義担当 【 表示 / 非表示

  • 植物遺伝資源論   2015年04月 ~ 2015年07月(年月日)

  • 植物遺伝資源論   2014年04月 ~ 2014年07月(年月日)

  • 遺伝子工学特論   2010年04月 ~ 2011年03月(年月日)

 

学会等における役職 【 表示 / 非表示

  • 日本育種学会  幹事   2010年03月 ~ 2012年03月

  • 日本育種学会  幹事   2008年03月 ~ 2010年03月