Organization
Faculty of Environmental Science
Department
School of Environmental Science Department of Biological Resources Management
Title
Associate Professor
External link
SHIMIZU Akifumi
Education
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Kyoto University Graduate School, Division of Agriculture
Course completed： Doctor's Course
Country： Japan
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Kyoto University Faculty of Agriculture
Country： Japan
Degree
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博士（農学） ( 2005.3 京都大学 )
Research Field
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Plant Breeding
Research Experience
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The University of Shiga Prefecture Associate Professor
2013.4
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College of Bioresource Science, Nihon University Researcher
2003.10 - 2006.3
Country：Japan
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The University of Shiga Prefecture Assistant Professor
2007.4 - 2013.3
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スタッフジャパン(派遣先は農業生物資源研究所) 大学等非常勤研究員
2003.6 - 2003.10
Country：Japan
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The University of Shiga Prefecture Research Assistant
2006.4 - 2007.3
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NIAS Part-time researcher for university or other academic organization
2000.11 - 2003.5
Country：Japan
Association Memberships
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育種学会
2010.4
Position, Role：幹事
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土壌肥料学会
2008.4
Research Areas
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Environmental Science/Agriculture Science / Science in plant genetics and breeding
Available Technology
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栄養ストレス強靭化に寄与する野生イネ遺伝資源の探索
Papers
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Evidence for rice Heading date 16 contribution to yield increase under low-nutrient conditions Reviewed
Tanaka N., Yoshida S., Takagi H., Terauchi R., Shimizu A., Fujiwara T.
Soil Science and Plant Nutrition 65 ( 6 ) 589 - 597 2019.11
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Suppression of a NAC-like transcription factor gene improves boron-toxicity tolerance in rice (Oryza sativa L.) "jointly worked" Reviewed
Ochiai, K., Shimizu A., Okumoto Y., Fujiwara T., and Matoh T.
Plant Physiology 156 ( 3 ) 1457 - 1463 2011.7
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Genetic analysis of root elongation induced by phosphorus deficiency in rice (Oryza sativa L.) : fine QTL mapping and multivariate analysis of related traits. Reviewed
Shimizu A., Kato K., Komatsu A., Motomura K., Ikehashi H.
Theoretical and Applied Genetics 117 ( 6 ) 987 - 996 2008.10
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Discovery of high-confidence SNPs from large-scale de novo analysis of leaf transcripts of Aegilops tauschii, a wild wheat progenitor Reviewed
Iehisa J.C.M., Shimizu A., Sato K., Nasuda S., Takumi S.
DNA Research 19 ( 6 ) 487 - 497 2012.12
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Boron toxicity in rice (Oryza sativa L.). I. Quantitative Trait Locus (QTL) analysis of tolerance to boron toxicity."jointly worked" Reviewed
Ochiai K., Uemura S., Shimizu A., Okumoto Y., Matoh T.
Theoretical and Applied Genetics 117 ( 1 ) 125 - 133 2008.6
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Genome-wide marker development for the wheat D genome based on single nucleotide polymorphisms identified from transcripts in the wild wheat progenitor Aegilops tauschii Reviewed
Iehisa J.C.M., Shimizu A., Sato K., Nishijima R., Sakaguchi K., Matsuda R., Nasuda S., Takumi S.
Theoretical and Applied Genetics 127 ( 2 ) 261 - 271 2014.2
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A new method for gene discovery in large-scale microarray data "jointly worked" Reviewed
Yano K., Imai K., Shimizu A., Hanashita T.
Nucleic Acids Research 34 ( 5 ) 1532 - 1539 2006.4
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QTLs for nutritional contents of rice seedlings (Oryza sativa L.) in solution cultures and its implication to tolerance to iron-toxicity. "jointly worked" Reviewed
Shimizu A., Guerta C.Q., Gregorio G.B., Kawasaki S., Ikehashi H.
Plant and Soil 275 ( 41276 ) 57 - 66 2005.11
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OryzaExpress: An Integrated Database of Gene Expression Networks and Omics Annotations in Rice "jointly worked" Reviewed
Kazuki Hamada, Kohei Hongo, Keita Suwabe, Akifumi Shimizu, Taishi Nagayama, Reina Abe, Shunsuke Kikuchi, Naoki Yamamoto, Takaaki Fujii, Koji Yokoyama, Hiroko Tsuchida, Kazumi Sano, Takako Mochizuki, Nobuhiko Oki, Youko Horiuchi, Masahiro Fujita, Masao Watanabe, Makoto Matsuoka, Nori Kurata, and Kentaro Yano
Plant & Cell Physiology 52 ( 2 ) 220 - 229 2011.2
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QTL analysis of genetic tolerance to iron-toxicity in rice (Oryza sativa L.) by quantification of bronzing score. Reviewed
Shimizu A.
Journal of New Seeds 10 ( 3 ) 171 - 179 2009.9
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Phosphorus deficiency-induced root elongation and its QTL in rice (Oryza sativa L.). "jointly worked" Reviewed
Shimizu A., Yanagihara S., Kawasaki S., Ikehashi H.
Theoretical and Applied Genetics 109 ( 7 ) 1361 - 1368 2004.9
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Gene discovery methods from large-scale gene expression data "jointly worked" Reviewed
Shimizu A and Yano K.
Quantum Bio-Informatics Ⅲ 489 - 496 2010.4
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Efficient construction of high-density linkage map and its application to QTL analysis in barley. "jointly worked" Reviewed
Hori K., Kobayashi T., Shimizu A., Sato K., Takeda K., Kawasaki S.
Theoretical and Applied Genetics 107 ( 5 ) 806 - 813 2003.9
-
Improved mass screening of tolerance to iron toxicity in rice by lowering temperature of culture solution. "jointly worked" Reviewed
Shimizu A., Guerta C.Q., Gregorio G.B., Ikehashi H.
Journal of Plant Nutrition 28 ( 9 ) 1481 - 1493 2005.9
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Rapid construction of a high-density rice linkage map by High Efficiency Genome Scanning (HEGS) system."jointly worked" Reviewed
Shimizu A and Kawasaki S.
Rice Science 16 ( 4 ) 247 - 251 2009.12
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Rapid construction of a linkage map using high-efficiency genome scanning/AFLP and RAPD, based on an intraspecific, doubled-haploid population of Capsicum annuum. "jointly worked" Reviewed
Sugita T., Kinoshita T., Kawano T., Yuji K., Yamaguchi K., Nagata R., Shimizu A., Chen L., Kawasaki S., Todoroki A.
Breeding Science 55 ( 3 ) 287 - 295 2005.9
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The shoot is important for high-affinity nitrate uptake in Egeria densa, a submerged vascular plant Reviewed
Shu Takayanagi, Yuma Takagi, Akifumi Shimizu and Hiroshi Hasegawa
Journal of Plant Research 未定 0 - 0 2012.6
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Changes in the gene expression of the white rot fungus Phanerochaete chrysosporium by the addition of atropine "jointly worked" Reviewed
MINAMI M, SUZUKI K, SHIMIZU A, HONGO T, SAKAMOTO T, OHYAMA N, KITAURA H, KUSAKA A, IWAMA K, IRIE T.
Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 73 ( 8 ) 1722 - 1731 2009.8
-
Genetic markers for tolerance to iron toxicity in rice. "jointly worked" Reviewed
Shimizu A., Wan J., Ikehashi H.
Rice Genetics Newsletter 13 ( 0 ) 132 - 134 1996.12
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育種のための情報解析ツール使い倒し塾
神沼英里,七夕高也,矢野健太郎,清水顕史,岩田洋佳
育種学研究 15 ( 3 ) 122 - 127 2013.9
-
ヨシPhragmites australisの系統間に見られる初期成長とイオン吸収速度の差異（共著） Reviewed
荒木哲郎,清水顕史,長谷川博
作物研究 55 9 - 12 2010.9
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An Indica Rice Cultivar ‘Habataki’ Segment on Chromosome 6 Improves Low-Phosphorus Tolerance Reviewed
Kokaji, H., Shimizu, A.
Journal of Crop Research 67 1 - 6 2022.7
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An Oryza rufipogon x Koshihikari Introgression Line with a High Capacity to Take Up Nitrogen to Maintain Growth and Panicle Development Under Low Nitrogen Conditions Reviewed
Adu, B.G., Argete, A.Y., Nagano, A., Egawa, J, Shimizu, A., Yoshihiro hmori, Y., Fujiwara, T.
Plant & Cell Physiology 63 1215 - 1229 2022.7
-
Pyramiding of Two Kinds of Phosphorus-deficiency Induced QTLs Derived from an Indica Rice Variety `Kasalath' to `Koshihikari' Reviewed
Tatsuya Yamamoto, Hiroyuki Kokaji, Yuki Tabata, Yasuo Iimura, Akifumi Shimizu
60 2015.5
Books etc
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Genome and transcriptome analyses for acid tolerance in rice
Shimizu A., Kato K., Komatsu A., Ikehashi H. et al (Eds. Sasaki S)（ Role： Joint author）
SHOUKADOH Book Sellers 2008.2 （ ISBN:978-4-87974-608-5 ）
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Construction of High-Density Map, Genome Library, and Saturation Mapping of Nodulation Genes. In: Biotechnology in Agriculture and Forestry, Vol52: 183-202
Kawasaki S., Murakami Y., Imaizumi-Anraku H., Shimizu A., Mikami I. et al. Nagata, Toshiyuki; Tabata, Satoshi (Eds.) （ Role： Joint author）
Springer-Verlag 2003.1 （ ISBN:978-3-540-42728-5 ）
Research Projects
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Isolation of genes for efficient Phosphate uptake in rice and development of DNA markers
2013.6
Funded Research
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Isolation and functional analysis of acid soil tolerance genes in rice, which are useful for genome based breeding of environmentally sustainable varieties.
2010.4 - 2012.3
Grant-in-Aid for Scientific Research
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.
2008.4 - 2013.3
Funded Research
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環境保全型農業のための、イネのリン欠乏ストレス応答形質の単離と機能解析
2007.4 - 2010.3
科学研究費補助金 イネ、リン欠乏ストレス応答
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大規模EST情報からの遺伝子発現パターンを利用した有用遺伝子の探索手法の開発
2007.4 - 2008.3
科学研究費補助金 発現遺伝子解析、大量データの解析プログラミング、データマイニング
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酸性適応植物の分子生物学的解析
2003.4 - 2007.3
科学技術振興調整費による中核的研究拠点（ＣＯＥ）育成 イネ、リン酸欠乏、酸性土壌、量的形質
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貧栄養ストレス耐性イネ品種開発のためのゲノム解析
2016.4 - 2017.3
滋賀県立大学 科学研究費補助金 基盤研究（C
清水顕史
Grant amount：\1070000 （ Direct Cost: \900000 、 Indirect Cost：\170000 ）
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イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発
2016.4 - 2017.3
東京大学 受託研究
清水顕史
Grant amount：\1100000 （ Direct Cost: \1100000 ）
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貧栄養ストレス耐性イネ品種開発のためのゲノム解析
2015.4 - 2016.3
滋賀県立大学 科学研究費補助金 基盤研究（C
清水顕史
Grant amount：\1070000 （ Direct Cost: \900000 、 Indirect Cost：\170000 ）
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イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発
2015.4 - 2016.3
東京大学 受託研究
清水顕史
Grant amount：\2200000 （ Direct Cost: \2200000 ）
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貧栄養ストレス耐性イネ品種開発のためのゲノム解析
2014.4 - 2015.3
滋賀県立大学 科学研究費補助金 基盤研究（C
清水顕史
Grant amount：\2860000 （ Direct Cost: \2200000 、 Indirect Cost：\660000 ）
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イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発
2014.4 - 2015.3
東京大学 受託研究
清水顕史
Grant amount：\4500000 （ Direct Cost: \4500000 ）
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イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発
2013.4 - 2014.3
東京大学 受託研究
清水顕史
Grant amount：\5000000 （ Direct Cost: \5000000 ）
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環境保全型イネのゲノム育種に役立つ、酸性土壌ストレス耐性の遺伝子単離と機能解析
2012.4 - 2013.3
滋賀県立大学 科学研究費補助金 基盤研究（C
Grant amount：\910000 （ Direct Cost: \700000 、 Indirect Cost：\210000 ）
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地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種
2012.4 - 2013.3
名古屋大学 受託研究
Grant amount：\4000000 （ Direct Cost: \4000000 ）
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環境保全型イネのゲノム育種に役立つ、酸性土壌ストレス耐性の遺伝子単離と機能解析
2011.4 - 2012.3
滋賀県立大学 科学研究費補助金 基盤研究（C
Grant amount：\910000 （ Direct Cost: \700000 、 Indirect Cost：\210000 ）
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地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種
2011.4 - 2012.3
名古屋大学 受託研究
Grant amount：\5000000 （ Direct Cost: \5000000 ）
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環境保全型イネのゲノム育種に役立つ、酸性土壌ストレス耐性の遺伝子単離と機能解析
2010.4 - 2011.3
滋賀県立大学 科学研究費補助金 基盤研究（C）
Grant amount：\2990000 （ Direct Cost: \2300000 、 Indirect Cost：\690000 ）
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地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種
2010.4 - 2011.3
名古屋大学 受託研究
Grant amount：\4000000 （ Direct Cost: \4000000 ）
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環境保全型農業のための、イネのリン欠乏ストレス応答形質の単離と機能解析
2009.4 - 2010.3
滋賀県立大学 科学研究費補助金 若手（Ｂ）
Grant amount：\780000 （ Direct Cost: \600000 、 Indirect Cost：\180000 ）
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地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種
2009.4 - 2010.3
名古屋大学 受託研究
Grant amount：\5000000 （ Direct Cost: \5000000 ）
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環境保全型農業のための、イネのリン欠乏ストレス応答形質の単離と機能解析
2008.4 - 2009.3
滋賀県立大学 科学研究費補助金 若手（Ｂ）
Grant amount：\780000 （ Direct Cost: \600000 、 Indirect Cost：\180000 ）
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地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種
2008.4 - 2009.3
名古屋大学 受託研究
Grant amount：\5000000 （ Direct Cost: \5000000 ）
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環境保全型農業のための、イネのリン欠乏ストレス応答形質の単離と機能解析
2007.4 - 2008.3
滋賀県立大学 科学研究費補助金 若手（Ｂ）
Grant amount：\1400000 （ Direct Cost: \1400000 ）
Teaching Experience
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植物遺伝資源論
2015.4 - 2015.7 Institution：滋賀県立大学
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植物遺伝資源論
2014.4 - 2014.7 Institution：滋賀県立大学
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遺伝学
2013.4 - 2016.3 Institution：滋賀県立大学
Level：Undergraduate (specialized)
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植物遺伝資源学
2013.4 - 2016.3 Institution：滋賀県立大学
Level：Undergraduate (specialized)
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生物資源管理学実験・実習Ⅱ
2010.4 - 2016.3 Institution：滋賀県立大学
Level：Undergraduate (specialized)
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生物学実験
2010.4 - 2016.3 Institution：滋賀県立大学
Level：Undergraduate (specialized)
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生物資源管理学実験・実習Ⅴ
2010.4 - 2016.3 Institution：滋賀県立大学
Level：Undergraduate (specialized)
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環境フィールドワークⅡ
2010.4 - 2016.3 Institution：滋賀県立大学
Level：Undergraduate (specialized)
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生物資源管理学概論
2010.4 - 2016.3 Institution：滋賀県立大学
Level：Undergraduate (specialized)
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生物統計学
2010.4 - 2013.3 Institution：滋賀県立大学
Level：Undergraduate (specialized)
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栽培植物各論
2010.4 - 2011.3 Institution：滋賀県立大学
Level：Undergraduate (specialized)
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専門外書講読Ⅰ
2010.4 - 2011.3 Institution：滋賀県立大学
Level：Undergraduate (specialized)
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遺伝子工学特論
2010.4 - 2011.3 Institution：滋賀県立大学