学歴
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京都大学 農学研究科
修了課程： 博士課程
国名： 日本国
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京都大学 農学部 農学専攻
国名： 日本国
学位
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博士（農学） （ 2005年3月 京都大学 ）
研究キーワード
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遺伝育種学
経歴
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滋賀県立大学 准教授
2013年4月 - 現在
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日本大学生物資源科学部 研究員
2003年10月 - 2006年3月
国名：日本国
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滋賀県立大学 助教
2007年4月 - 2013年3月
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スタッフジャパン(派遣先は農業生物資源研究所) 大学等非常勤研究員
2003年6月 - 2003年10月
国名：日本国
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滋賀県立大学 助手
2006年4月 - 2007年3月
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農業生物資源研究所 大学等非常勤研究員
2000年11月 - 2003年5月
国名：日本国
所属学協会
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育種学会
2010年4月 - 現在
役職・役割名：幹事
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土壌肥料学会
2008年4月 - 現在
研究分野
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環境・農学 / 遺伝育種科学
学会等における役職
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日本育種学会 幹事 その他役職 2010年3月25日 ～ 2012年3月31日
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日本育種学会 幹事 その他役職 2008年3月25日 ～ 2010年3月25日
研究シーズ
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栄養ストレス強靭化に寄与する野生イネ遺伝資源の探索
論文
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Evidence for rice Heading date 16 contribution to yield increase under low-nutrient conditions 査読
Tanaka N., Yoshida S., Takagi H., Terauchi R., Shimizu A., Fujiwara T.
Soil Science and Plant Nutrition 65 ( 6 ) 589 - 597 2019年11月
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Suppression of a NAC-like transcription factor gene improves boron-toxicity tolerance in rice (Oryza sativa L.)（共著） 査読
Ochiai, K., Shimizu A., Okumoto Y., Fujiwara T., and Matoh T.
Plant Physiology 156 ( 3 ) 1457 - 1463 2011年7月
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Genetic analysis of root elongation induced by phosphorus deficiency in rice (Oryza sativa L.) : fine QTL mapping and multivariate analysis of related traits. 査読
Shimizu A., Kato K., Komatsu A., Motomura K., Ikehashi H.
Theoretical and Applied Genetics 117 ( 6 ) 987 - 996 2008年10月
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Discovery of high-confidence SNPs from large-scale de novo analysis of leaf transcripts of Aegilops tauschii, a wild wheat progenitor 査読
Iehisa J.C.M., Shimizu A., Sato K., Nasuda S., Takumi S.
DNA Research 19 ( 6 ) 487 - 497 2012年12月
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Boron toxicity in rice (Oryza sativa L.). I. Quantitative Trait Locus (QTL) analysis of tolerance to boron toxicity.（共著） 査読
Ochiai K., Uemura S., Shimizu A., Okumoto Y., Matoh T.
Theoretical and Applied Genetics 117 ( 1 ) 125 - 133 2008年6月
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Genome-wide marker development for the wheat D genome based on single nucleotide polymorphisms identified from transcripts in the wild wheat progenitor Aegilops tauschii 査読
Iehisa J.C.M., Shimizu A., Sato K., Nishijima R., Sakaguchi K., Matsuda R., Nasuda S., Takumi S.
Theoretical and Applied Genetics 127 ( 2 ) 261 - 271 2014年2月
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A new method for gene discovery in large-scale microarray data （共著） 査読
Yano K., Imai K., Shimizu A., Hanashita T.
Nucleic Acids Research 34 ( 5 ) 1532 - 1539 2006年4月
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QTLs for nutritional contents of rice seedlings (Oryza sativa L.) in solution cultures and its implication to tolerance to iron-toxicity. （共著） 査読
Shimizu A., Guerta C.Q., Gregorio G.B., Kawasaki S., Ikehashi H.
Plant and Soil 275 ( 41276 ) 57 - 66 2005年11月
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OryzaExpress: An Integrated Database of Gene Expression Networks and Omics Annotations in Rice（共著） 査読
Kazuki Hamada, Kohei Hongo, Keita Suwabe, Akifumi Shimizu, Taishi Nagayama, Reina Abe, Shunsuke Kikuchi, Naoki Yamamoto, Takaaki Fujii, Koji Yokoyama, Hiroko Tsuchida, Kazumi Sano, Takako Mochizuki, Nobuhiko Oki, Youko Horiuchi, Masahiro Fujita, Masao Watanabe, Makoto Matsuoka, Nori Kurata, and Kentaro Yano
Plant & Cell Physiology 52 ( 2 ) 220 - 229 2011年2月
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QTL analysis of genetic tolerance to iron-toxicity in rice (Oryza sativa L.) by quantification of bronzing score. 査読
Shimizu A.
Journal of New Seeds 10 ( 3 ) 171 - 179 2009年9月
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Phosphorus deficiency-induced root elongation and its QTL in rice (Oryza sativa L.). （共著） 査読
Shimizu A., Yanagihara S., Kawasaki S., Ikehashi H.
Theoretical and Applied Genetics 109 ( 7 ) 1361 - 1368 2004年9月
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Gene discovery methods from large-scale gene expression data (共著) 査読
Shimizu A and Yano K.
Quantum Bio-Informatics Ⅲ 489 - 496 2010年4月
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Efficient construction of high-density linkage map and its application to QTL analysis in barley. （共著） 査読
Hori K., Kobayashi T., Shimizu A., Sato K., Takeda K., Kawasaki S.
Theoretical and Applied Genetics 107 ( 5 ) 806 - 813 2003年9月
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Improved mass screening of tolerance to iron toxicity in rice by lowering temperature of culture solution.（共著） 査読
Shimizu A., Guerta C.Q., Gregorio G.B., Ikehashi H.
Journal of Plant Nutrition 28 ( 9 ) 1481 - 1493 2005年9月
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Rapid construction of a high-density rice linkage map by High Efficiency Genome Scanning (HEGS) system.(共著) 査読
Shimizu A and Kawasaki S.
Rice Science 16 ( 4 ) 247 - 251 2009年12月
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Rapid construction of a linkage map using high-efficiency genome scanning/AFLP and RAPD, based on an intraspecific, doubled-haploid population of Capsicum annuum. （共著） 査読
Sugita T., Kinoshita T., Kawano T., Yuji K., Yamaguchi K., Nagata R., Shimizu A., Chen L., Kawasaki S., Todoroki A.
Breeding Science 55 ( 3 ) 287 - 295 2005年9月
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The shoot is important for high-affinity nitrate uptake in Egeria densa, a submerged vascular plant 査読
Shu Takayanagi, Yuma Takagi, Akifumi Shimizu and Hiroshi Hasegawa
Journal of Plant Research 未定 0 - 0 2012年6月
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Changes in the gene expression of the white rot fungus Phanerochaete chrysosporium by the addition of atropine (共著) 査読
MINAMI M, SUZUKI K, SHIMIZU A, HONGO T, SAKAMOTO T, OHYAMA N, KITAURA H, KUSAKA A, IWAMA K, IRIE T.
Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 73 ( 8 ) 1722 - 1731 2009年8月
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Genetic markers for tolerance to iron toxicity in rice. （共著） 査読
Shimizu A., Wan J., Ikehashi H.
Rice Genetics Newsletter 13 ( 0 ) 132 - 134 1996年12月
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育種のための情報解析ツール使い倒し塾
神沼英里,七夕高也,矢野健太郎,清水顕史,岩田洋佳
育種学研究 15 ( 3 ) 122 - 127 2013年9月
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ヨシPhragmites australisの系統間に見られる初期成長とイオン吸収速度の差異（共著） 査読
荒木哲郎,清水顕史,長谷川博
作物研究 55 9 - 12 2010年9月
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An Indica Rice Cultivar ‘Habataki’ Segment on Chromosome 6 Improves Low-Phosphorus Tolerance 査読
Kokaji, H., Shimizu, A.
Journal of Crop Research 67 1 - 6 2022年7月
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An Oryza rufipogon x Koshihikari Introgression Line with a High Capacity to Take Up Nitrogen to Maintain Growth and Panicle Development Under Low Nitrogen Conditions 査読
Adu, B.G., Argete, A.Y., Nagano, A., Egawa, J, Shimizu, A., Yoshihiro hmori, Y., Fujiwara, T.
Plant & Cell Physiology 63 1215 - 1229 2022年7月
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水稲インディカ品種Kasalathに由来する2種類の低リン応答性QTLの、コシヒカリへの集積 査読
山本竜也・小梶裕之・田端友樹・飯村康夫・清水顕史
作物研究 60 2015年5月
書籍等出版物
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Genome and transcriptome analyses for acid tolerance in rice
Shimizu A., Kato K., Komatsu A., Ikehashi H. 他（ 担当： 共著）
SHOUKADOH Book Sellers 2008年2月 （ ISBN:978-4-87974-608-5 ）
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Construction of High-Density Map, Genome Library, and Saturation Mapping of Nodulation Genes. In: Biotechnology in Agriculture and Forestry, Vol52: 183-202
Kawasaki S., Murakami Y., Imaizumi-Anraku H., Shimizu A., Mikami I. その他（ 担当： 共著）
Springer-Verlag 2003年1月 （ ISBN:978-3-540-42728-5 ）
共同研究・競争的資金等の研究課題
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イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発
2013年6月 - 現在
受託研究 リン欠乏ストレス
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環境保全型イネのゲノム育種に役立つ、酸性土壌ストレス耐性の遺伝子単離と機能解析
2010年4月 - 2012年3月
科学研究費補助金 低リン耐性
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地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種
2008年4月 - 2013年3月
受託研究 新農業展開ゲノムプロジェクト
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環境保全型農業のための、イネのリン欠乏ストレス応答形質の単離と機能解析
2007年4月 - 2010年3月
科学研究費補助金 イネ、リン欠乏ストレス応答
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大規模EST情報からの遺伝子発現パターンを利用した有用遺伝子の探索手法の開発
2007年4月 - 2008年3月
科学研究費補助金 発現遺伝子解析、大量データの解析プログラミング、データマイニング
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酸性適応植物の分子生物学的解析
2003年4月 - 2007年3月
科学技術振興調整費による中核的研究拠点（ＣＯＥ）育成 イネ、リン酸欠乏、酸性土壌、量的形質
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貧栄養ストレス耐性イネ品種開発のためのゲノム解析
2016年4月 - 2017年3月
滋賀県立大学 科学研究費補助金 基盤研究（C
清水顕史
配分額：1070000円 （ 直接経費：900000円 、 間接経費：170000円 ）
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イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発
2016年4月 - 2017年3月
東京大学 受託研究
清水顕史
配分額：1100000円 （ 直接経費：1100000円 ）
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貧栄養ストレス耐性イネ品種開発のためのゲノム解析
2015年4月 - 2016年3月
滋賀県立大学 科学研究費補助金 基盤研究（C
清水顕史
配分額：1070000円 （ 直接経費：900000円 、 間接経費：170000円 ）
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イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発
2015年4月 - 2016年3月
東京大学 受託研究
清水顕史
配分額：2200000円 （ 直接経費：2200000円 ）
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貧栄養ストレス耐性イネ品種開発のためのゲノム解析
2014年4月 - 2015年3月
滋賀県立大学 科学研究費補助金 基盤研究（C
清水顕史
配分額：2860000円 （ 直接経費：2200000円 、 間接経費：660000円 ）
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イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発
2014年4月 - 2015年3月
東京大学 受託研究
清水顕史
配分額：4500000円 （ 直接経費：4500000円 ）
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イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発
2013年4月 - 2014年3月
東京大学 受託研究
清水顕史
配分額：5000000円 （ 直接経費：5000000円 ）
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環境保全型イネのゲノム育種に役立つ、酸性土壌ストレス耐性の遺伝子単離と機能解析
2012年4月 - 2013年3月
滋賀県立大学 科学研究費補助金 基盤研究（C
配分額：910000円 （ 直接経費：700000円 、 間接経費：210000円 ）
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地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種
2012年4月 - 2013年3月
名古屋大学 受託研究
配分額：4000000円 （ 直接経費：4000000円 ）
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環境保全型イネのゲノム育種に役立つ、酸性土壌ストレス耐性の遺伝子単離と機能解析
2011年4月 - 2012年3月
滋賀県立大学 科学研究費補助金 基盤研究（C
配分額：910000円 （ 直接経費：700000円 、 間接経費：210000円 ）
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地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種
2011年4月 - 2012年3月
名古屋大学 受託研究
配分額：5000000円 （ 直接経費：5000000円 ）
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環境保全型イネのゲノム育種に役立つ、酸性土壌ストレス耐性の遺伝子単離と機能解析
2010年4月 - 2011年3月
滋賀県立大学 科学研究費補助金 基盤研究（C）
配分額：2990000円 （ 直接経費：2300000円 、 間接経費：690000円 ）
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地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種
2010年4月 - 2011年3月
名古屋大学 受託研究
配分額：4000000円 （ 直接経費：4000000円 ）
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環境保全型農業のための、イネのリン欠乏ストレス応答形質の単離と機能解析
2009年4月 - 2010年3月
滋賀県立大学 科学研究費補助金 若手（Ｂ）
配分額：780000円 （ 直接経費：600000円 、 間接経費：180000円 ）
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地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種
2009年4月 - 2010年3月
名古屋大学 受託研究
配分額：5000000円 （ 直接経費：5000000円 ）
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環境保全型農業のための、イネのリン欠乏ストレス応答形質の単離と機能解析
2008年4月 - 2009年3月
滋賀県立大学 科学研究費補助金 若手（Ｂ）
配分額：780000円 （ 直接経費：600000円 、 間接経費：180000円 ）
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地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種
2008年4月 - 2009年3月
名古屋大学 受託研究
配分額：5000000円 （ 直接経費：5000000円 ）
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環境保全型農業のための、イネのリン欠乏ストレス応答形質の単離と機能解析
2007年4月 - 2008年3月
滋賀県立大学 科学研究費補助金 若手（Ｂ）
配分額：1400000円 （ 直接経費：1400000円 ）
担当経験のある科目（授業）
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植物遺伝資源論
2015年4月 - 2015年7月 機関名：滋賀県立大学
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植物遺伝資源論
2014年4月 - 2014年7月 機関名：滋賀県立大学
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遺伝学
2013年4月 - 2016年3月 機関名：滋賀県立大学
科目区分：学部専門科目
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植物遺伝資源学
2013年4月 - 2016年3月 機関名：滋賀県立大学
科目区分：学部専門科目
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生物資源管理学実験・実習Ⅱ
2010年4月 - 2016年3月 機関名：滋賀県立大学
科目区分：学部専門科目
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生物学実験
2010年4月 - 2016年3月 機関名：滋賀県立大学
科目区分：学部専門科目
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生物資源管理学実験・実習Ⅴ
2010年4月 - 2016年3月 機関名：滋賀県立大学
科目区分：学部専門科目
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環境フィールドワークⅡ
2010年4月 - 2016年3月 機関名：滋賀県立大学
科目区分：学部専門科目
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生物資源管理学概論
2010年4月 - 2016年3月 機関名：滋賀県立大学
科目区分：学部専門科目
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生物統計学
2010年4月 - 2013年3月 機関名：滋賀県立大学
科目区分：学部専門科目
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栽培植物各論
2010年4月 - 2011年3月 機関名：滋賀県立大学
科目区分：学部専門科目
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専門外書講読Ⅰ
2010年4月 - 2011年3月 機関名：滋賀県立大学
科目区分：学部専門科目
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遺伝子工学特論
2010年4月 - 2011年3月 機関名：滋賀県立大学