2023/03/29 更新

写真a

シミズ アキフミ
清水 顕史
SHIMIZU Akifumi
所属
環境科学研究院
部局
環境科学部 生物資源管理学科
職名
准教授
外部リンク

学歴

  • 京都大学   農学研究科

      詳細を見る

    修了課程: 博士課程

    国名: 日本国

  • 京都大学   農学部   農学専攻

      詳細を見る

    国名: 日本国

学位

  • 博士(農学) ( 2005年3月   京都大学 )

研究キーワード

  • 遺伝育種学

経歴

  • 滋賀県立大学   准教授

    2013年4月 - 現在

  • 日本大学生物資源科学部   研究員

    2003年10月 - 2006年3月

      詳細を見る

    国名:日本国

  • 滋賀県立大学   助教

    2007年4月 - 2013年3月

  • スタッフジャパン(派遣先は農業生物資源研究所)   大学等非常勤研究員

    2003年6月 - 2003年10月

      詳細を見る

    国名:日本国

  • 滋賀県立大学   助手

    2006年4月 - 2007年3月

  • 農業生物資源研究所   大学等非常勤研究員

    2000年11月 - 2003年5月

      詳細を見る

    国名:日本国

▼全件表示

所属学協会

  • 育種学会

    2010年4月 - 現在

      詳細を見る

    役職・役割名:幹事

  • 土壌肥料学会

    2008年4月 - 現在

研究分野

  • 環境・農学 / 遺伝育種科学

学会等における役職

  • 日本育種学会  幹事  その他役職   2010年3月25日 ~ 2012年3月31日

  • 日本育種学会  幹事  その他役職   2008年3月25日 ~ 2010年3月25日

研究シーズ

  • 栄養ストレス強靭化に寄与する野生イネ遺伝資源の探索

論文

  • Evidence for rice Heading date 16 contribution to yield increase under low-nutrient conditions 査読

    Tanaka N., Yoshida S., Takagi H., Terauchi R., Shimizu A., Fujiwara T.

    Soil Science and Plant Nutrition   65 ( 6 )   589 - 597   2019年11月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Soil Science and Plant Nutrition  

    © 2019, © 2019 Japanese Society of Soil Science and Plant Nutrition. Breeding new rice cultivars that are tolerant to low-nutrient condition is a solution to saving the usage of commercial fertilizer. We isolated Hitomebore EMS mutant, 520-6. Seedling growth of 520-6 is tolerant to low-nutrient supply, especially to low phosphorus (low P) supply and genetic mapping revealed the existence of nonsynonymous substitution within Os03g0793500 9th exon in 520-6. Os03g0793500 is reported as Heading date 16 (Hd16)/Early flowering1 (EL1), which is related with the rice flowering pathway. Hd16/EL1 encodes a casein kinase-I protein, and phosphorylates the floral repressor Ghd7 and the rice DELLA protein Slender rice 1 (SLR1). 520-6 carries the same nonfunctional Hd16 allele to that of Koshihikari, and the parental cultivar, Hitomebore, carries the functional Hd16 allele, as with Nipponbare. mRNA accumulation of GA-biosynthesis-related gene, OsGA2ox3 was enhanced in 520-6 compared with Hitomebore, indicating that Hd16 takes a part in feedback regulation of the GA biosynthetic gene. 520-6 and near-isogenic line (NIL) with nonfunctional Hd16 allele showed heavy straw weight and panicle weight in paddy fields with low nitrogen input and no fertilizer application in Kashimadai at Miyagi prefecture and Hikone at Shiga prefecture, respectively. In addition, plants with nonfunctional Hd16 allele showed late flowering phenotype in all tested fields. These results imply that disruption of Hd16 contributes to the improvement of rice growth by positively regulating GA signaling and late flowering, which resulted in increased rice yield under low-nutrient conditions.

    DOI: 10.1080/00380768.2019.1647081

    Scopus

    その他リンク: https://www.scopus.com/inward/record.uri?partnerID=HzOxMe3b&scp=85076555666&origin=inward

  • Suppression of a NAC-like transcription factor gene improves boron-toxicity tolerance in rice (Oryza sativa L.)(共著) 査読

    Ochiai, K., Shimizu A., Okumoto Y., Fujiwara T., and Matoh T.

    Plant Physiology   156 ( 3 )   1457 - 1463   2011年7月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:American Society of Plant Biologists   参加形態:共同(副担当)  

    DOI: 10.1104/pp.110.171470

  • Genetic analysis of root elongation induced by phosphorus deficiency in rice (Oryza sativa L.) : fine QTL mapping and multivariate analysis of related traits. 査読

    Shimizu A., Kato K., Komatsu A., Motomura K., Ikehashi H.

    Theoretical and Applied Genetics   117 ( 6 )   987 - 996   2008年10月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer   参加形態:共同(主担当)  

    DOI: 10.1007/s00122-008-0838-8

  • Discovery of high-confidence SNPs from large-scale de novo analysis of leaf transcripts of Aegilops tauschii, a wild wheat progenitor 査読

    Iehisa J.C.M., Shimizu A., Sato K., Nasuda S., Takumi S.

    DNA Research   19 ( 6 )   487 - 497   2012年12月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:OXFORD JOURNALS   参加形態:共同(主担当)  

    DOI: 10.1093/dnares/dss028

  • Boron toxicity in rice (Oryza sativa L.). I. Quantitative Trait Locus (QTL) analysis of tolerance to boron toxicity.(共著) 査読

    Ochiai K., Uemura S., Shimizu A., Okumoto Y., Matoh T.

    Theoretical and Applied Genetics   117 ( 1 )   125 - 133   2008年6月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer   参加形態:共同(副担当)  

    DOI: 10.1007/s00122-008-0758-7

  • Genome-wide marker development for the wheat D genome based on single nucleotide polymorphisms identified from transcripts in the wild wheat progenitor Aegilops tauschii 査読

    Iehisa J.C.M., Shimizu A., Sato K., Nishijima R., Sakaguchi K., Matsuda R., Nasuda S., Takumi S.

    Theoretical and Applied Genetics   127 ( 2 )   261 - 271   2014年2月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer   参加形態:共同(副担当)  

    DOI: 10.1007/s00122-013-2215-5

  • A new method for gene discovery in large-scale microarray data (共著) 査読

    Yano K., Imai K., Shimizu A., Hanashita T.

    Nucleic Acids Research   34 ( 5 )   1532 - 1539   2006年4月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Oxford Journal   参加形態:共同(主担当)  

    DOI: 10.1093/nar/gkl058

  • QTLs for nutritional contents of rice seedlings (Oryza sativa L.) in solution cultures and its implication to tolerance to iron-toxicity. (共著) 査読

    Shimizu A., Guerta C.Q., Gregorio G.B., Kawasaki S., Ikehashi H.

    Plant and Soil   275 ( 41276 )   57 - 66   2005年11月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer   参加形態:共同(主担当)  

    DOI: 10.1007/s11104-004-4683-5

  • OryzaExpress: An Integrated Database of Gene Expression Networks and Omics Annotations in Rice(共著) 査読

    Kazuki Hamada, Kohei Hongo, Keita Suwabe, Akifumi Shimizu, Taishi Nagayama, Reina Abe, Shunsuke Kikuchi, Naoki Yamamoto, Takaaki Fujii, Koji Yokoyama, Hiroko Tsuchida, Kazumi Sano, Takako Mochizuki, Nobuhiko Oki, Youko Horiuchi, Masahiro Fujita, Masao Watanabe, Makoto Matsuoka, Nori Kurata, and Kentaro Yano

    Plant & Cell Physiology   52 ( 2 )   220 - 229   2011年2月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Oxford journals   参加形態:共同(副担当)  

    DOI: 10.1093/pcp/pcq195

  • QTL analysis of genetic tolerance to iron-toxicity in rice (Oryza sativa L.) by quantification of bronzing score. 査読

    Shimizu A.

    Journal of New Seeds   10 ( 3 )   171 - 179   2009年9月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Taylor & Francis  

    DOI: 10.1080/15228860903064989

  • Phosphorus deficiency-induced root elongation and its QTL in rice (Oryza sativa L.). (共著) 査読

    Shimizu A., Yanagihara S., Kawasaki S., Ikehashi H.

    Theoretical and Applied Genetics   109 ( 7 )   1361 - 1368   2004年9月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer   参加形態:共同(主担当)  

    DOI: 10.1007/s00122-004-1751-4

  • Gene discovery methods from large-scale gene expression data (共著) 査読

    Shimizu A and Yano K.

    Quantum Bio-Informatics   Ⅲ   489 - 496   2010年4月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:World Scientific Publishing   参加形態:共同(主担当)  

    DOI: 10.1142/9789814304061_0040

  • Efficient construction of high-density linkage map and its application to QTL analysis in barley. (共著) 査読

    Hori K., Kobayashi T., Shimizu A., Sato K., Takeda K., Kawasaki S.

    Theoretical and Applied Genetics   107 ( 5 )   806 - 813   2003年9月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer   参加形態:共同(副担当)  

    DOI: 10.1007/s00122-003-1342-9

  • Improved mass screening of tolerance to iron toxicity in rice by lowering temperature of culture solution.(共著) 査読

    Shimizu A., Guerta C.Q., Gregorio G.B., Ikehashi H.

    Journal of Plant Nutrition   28 ( 9 )   1481 - 1493   2005年9月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Taylor & Francis   参加形態:共同(主担当)  

    DOI: 10.1080/01904160500201352

  • Rapid construction of a high-density rice linkage map by High Efficiency Genome Scanning (HEGS) system.(共著) 査読

    Shimizu A and Kawasaki S.

    Rice Science   16 ( 4 )   247 - 251   2009年12月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ELSEVIER   参加形態:共同(主担当)  

    DOI: 10.1016/S1672-6308(08)60087-6

  • Rapid construction of a linkage map using high-efficiency genome scanning/AFLP and RAPD, based on an intraspecific, doubled-haploid population of Capsicum annuum. (共著) 査読

    Sugita T., Kinoshita T., Kawano T., Yuji K., Yamaguchi K., Nagata R., Shimizu A., Chen L., Kawasaki S., Todoroki A.

    Breeding Science   55 ( 3 )   287 - 295   2005年9月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:日本育種学会   参加形態:共同(副担当)  

  • The shoot is important for high-affinity nitrate uptake in Egeria densa, a submerged vascular plant 査読

    Shu Takayanagi, Yuma Takagi, Akifumi Shimizu and Hiroshi Hasegawa

    Journal of Plant Research   未定   0 - 0   2012年6月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer   参加形態:共同(副担当)  

    DOI: 10.1007/s10265-012-0480-z

  • Changes in the gene expression of the white rot fungus Phanerochaete chrysosporium by the addition of atropine (共著) 査読

    MINAMI M, SUZUKI K, SHIMIZU A, HONGO T, SAKAMOTO T, OHYAMA N, KITAURA H, KUSAKA A, IWAMA K, IRIE T.

    Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry   73 ( 8 )   1722 - 1731   2009年8月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:社団法人日本農芸化学会   参加形態:共同(副担当)  

    DOI: 10.1271/bbb.80870

  • Genetic markers for tolerance to iron toxicity in rice. (共著) 査読

    Shimizu A., Wan J., Ikehashi H.

    Rice Genetics Newsletter   13 ( 0 )   132 - 134   1996年12月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Rice Genetics Cooperative   参加形態:共同(主担当)  

  • 育種のための情報解析ツール使い倒し塾

    神沼英里,七夕高也,矢野健太郎,清水顕史,岩田洋佳

    育種学研究   15 ( 3 )   122 - 127   2013年9月

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:日本育種学会   参加形態:共同(副担当)  

  • ヨシPhragmites australisの系統間に見られる初期成長とイオン吸収速度の差異(共著) 査読

    荒木哲郎,清水顕史,長谷川博

    作物研究   55   9 - 12   2010年9月

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:近畿作物・育種研究会   参加形態:共同(副担当)  

  • An Indica Rice Cultivar ‘Habataki’ Segment on Chromosome 6 Improves Low-Phosphorus Tolerance 査読

    Kokaji, H., Shimizu, A.

    Journal of Crop Research   67   1 - 6   2022年7月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:近畿作物・育種研究会   参加形態:共同(副担当)  

  • An Oryza rufipogon x Koshihikari Introgression Line with a High Capacity to Take Up Nitrogen to Maintain Growth and Panicle Development Under Low Nitrogen Conditions 査読

    Adu, B.G., Argete, A.Y., Nagano, A., Egawa, J, Shimizu, A., Yoshihiro hmori, Y., Fujiwara, T.

    Plant & Cell Physiology   63   1215 - 1229   2022年7月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:OXFORD Academic   参加形態:共同(副担当)  

    DOI: 10.1093/pcp/pcac097

  • 水稲インディカ品種Kasalathに由来する2種類の低リン応答性QTLの、コシヒカリへの集積 査読

    山本竜也・小梶裕之・田端友樹・飯村康夫・清水顕史

    作物研究   60   2015年5月

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:近畿作物・育種研究会   参加形態:共同(主担当)  

▼全件表示

書籍等出版物

  • Genome and transcriptome analyses for acid tolerance in rice

    Shimizu A., Kato K., Komatsu A., Ikehashi H. 他( 担当: 共著)

    SHOUKADOH Book Sellers  2008年2月  ( ISBN:978-4-87974-608-5

     詳細を見る

    総ページ数:150   記述言語:英語   著書種別:学術書

    phosphorous deficiency and low pH stress. In: Proceedings of the Final International Meeting for 21th Century Center for Excellence (COE) Program, "Development of New Bioremediation Systems of Acid Sulfate Soil for Agriculture and Forestry.

  • Construction of High-Density Map, Genome Library, and Saturation Mapping of Nodulation Genes. In: Biotechnology in Agriculture and Forestry, Vol52: 183-202

    Kawasaki S., Murakami Y., Imaizumi-Anraku H., Shimizu A., Mikami I. その他( 担当: 共著)

    Springer-Verlag  2003年1月  ( ISBN:978-3-540-42728-5

     詳細を見る

    総ページ数:268   記述言語:英語   著書種別:学術書

共同研究・競争的資金等の研究課題

  • イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発

    2013年6月 - 現在

    受託研究  リン欠乏ストレス

  • 環境保全型イネのゲノム育種に役立つ、酸性土壌ストレス耐性の遺伝子単離と機能解析

    2010年4月 - 2012年3月

    科学研究費補助金  低リン耐性

  • 地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種

    2008年4月 - 2013年3月

    受託研究  新農業展開ゲノムプロジェクト

  • 環境保全型農業のための、イネのリン欠乏ストレス応答形質の単離と機能解析

    2007年4月 - 2010年3月

    科学研究費補助金  イネ、リン欠乏ストレス応答

  • 大規模EST情報からの遺伝子発現パターンを利用した有用遺伝子の探索手法の開発

    2007年4月 - 2008年3月

    科学研究費補助金  発現遺伝子解析、大量データの解析プログラミング、データマイニング

  • 酸性適応植物の分子生物学的解析

    2003年4月 - 2007年3月

    科学技術振興調整費による中核的研究拠点(COE)育成  イネ、リン酸欠乏、酸性土壌、量的形質

  • 貧栄養ストレス耐性イネ品種開発のためのゲノム解析

    2016年4月 - 2017年3月

    滋賀県立大学  科学研究費補助金 基盤研究(C 

    清水顕史

      詳細を見る

    配分額:1070000円 ( 直接経費:900000円 、 間接経費:170000円 )

  • イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発

    2016年4月 - 2017年3月

    東京大学  受託研究

    清水顕史

      詳細を見る

    配分額:1100000円 ( 直接経費:1100000円 )

  • 貧栄養ストレス耐性イネ品種開発のためのゲノム解析

    2015年4月 - 2016年3月

    滋賀県立大学  科学研究費補助金 基盤研究(C 

    清水顕史

      詳細を見る

    配分額:1070000円 ( 直接経費:900000円 、 間接経費:170000円 )

  • イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発

    2015年4月 - 2016年3月

    東京大学  受託研究

    清水顕史

      詳細を見る

    配分額:2200000円 ( 直接経費:2200000円 )

  • 貧栄養ストレス耐性イネ品種開発のためのゲノム解析

    2014年4月 - 2015年3月

    滋賀県立大学  科学研究費補助金 基盤研究(C 

    清水顕史

      詳細を見る

    配分額:2860000円 ( 直接経費:2200000円 、 間接経費:660000円 )

  • イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発

    2014年4月 - 2015年3月

    東京大学  受託研究

    清水顕史

      詳細を見る

    配分額:4500000円 ( 直接経費:4500000円 )

  • イネのリン酸の効率的吸収に関わる遺伝子の同定とDNAマーカーの開発

    2013年4月 - 2014年3月

    東京大学  受託研究

    清水顕史

      詳細を見る

    配分額:5000000円 ( 直接経費:5000000円 )

  • 環境保全型イネのゲノム育種に役立つ、酸性土壌ストレス耐性の遺伝子単離と機能解析

    2012年4月 - 2013年3月

    滋賀県立大学  科学研究費補助金 基盤研究(C 

      詳細を見る

    配分額:910000円 ( 直接経費:700000円 、 間接経費:210000円 )

  • 地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種

    2012年4月 - 2013年3月

    名古屋大学  受託研究

      詳細を見る

    配分額:4000000円 ( 直接経費:4000000円 )

  • 環境保全型イネのゲノム育種に役立つ、酸性土壌ストレス耐性の遺伝子単離と機能解析

    2011年4月 - 2012年3月

    滋賀県立大学  科学研究費補助金 基盤研究(C 

      詳細を見る

    配分額:910000円 ( 直接経費:700000円 、 間接経費:210000円 )

  • 地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種

    2011年4月 - 2012年3月

    名古屋大学  受託研究

      詳細を見る

    配分額:5000000円 ( 直接経費:5000000円 )

  • 環境保全型イネのゲノム育種に役立つ、酸性土壌ストレス耐性の遺伝子単離と機能解析

    2010年4月 - 2011年3月

    滋賀県立大学  科学研究費補助金 基盤研究(C) 

      詳細を見る

    配分額:2990000円 ( 直接経費:2300000円 、 間接経費:690000円 )

  • 地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種

    2010年4月 - 2011年3月

    名古屋大学  受託研究

      詳細を見る

    配分額:4000000円 ( 直接経費:4000000円 )

  • 環境保全型農業のための、イネのリン欠乏ストレス応答形質の単離と機能解析

    2009年4月 - 2010年3月

    滋賀県立大学  科学研究費補助金 若手(B) 

      詳細を見る

    配分額:780000円 ( 直接経費:600000円 、 間接経費:180000円 )

  • 地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種

    2009年4月 - 2010年3月

    名古屋大学  受託研究

      詳細を見る

    配分額:5000000円 ( 直接経費:5000000円 )

  • 環境保全型農業のための、イネのリン欠乏ストレス応答形質の単離と機能解析

    2008年4月 - 2009年3月

    滋賀県立大学  科学研究費補助金 若手(B) 

      詳細を見る

    配分額:780000円 ( 直接経費:600000円 、 間接経費:180000円 )

  • 地力窒素と土壌固定リンの吸収能力に優れたイネの選抜と育種

    2008年4月 - 2009年3月

    名古屋大学  受託研究

      詳細を見る

    配分額:5000000円 ( 直接経費:5000000円 )

  • 環境保全型農業のための、イネのリン欠乏ストレス応答形質の単離と機能解析

    2007年4月 - 2008年3月

    滋賀県立大学  科学研究費補助金 若手(B) 

      詳細を見る

    配分額:1400000円 ( 直接経費:1400000円 )

▼全件表示

担当経験のある科目(授業)

  • 植物遺伝資源論

    2015年4月 - 2015年7月 機関名:滋賀県立大学

  • 植物遺伝資源論

    2014年4月 - 2014年7月 機関名:滋賀県立大学

  • 遺伝学

    2013年4月 - 2016年3月 機関名:滋賀県立大学

     詳細を見る

    科目区分:学部専門科目 

  • 植物遺伝資源学

    2013年4月 - 2016年3月 機関名:滋賀県立大学

     詳細を見る

    科目区分:学部専門科目 

  • 生物資源管理学実験・実習Ⅱ

    2010年4月 - 2016年3月 機関名:滋賀県立大学

     詳細を見る

    科目区分:学部専門科目 

  • 生物資源管理学実験・実習Ⅴ

    2010年4月 - 2016年3月 機関名:滋賀県立大学

     詳細を見る

    科目区分:学部専門科目 

  • 環境フィールドワークⅡ

    2010年4月 - 2016年3月 機関名:滋賀県立大学

     詳細を見る

    科目区分:学部専門科目 

  • 生物資源管理学概論

    2010年4月 - 2016年3月 機関名:滋賀県立大学

     詳細を見る

    科目区分:学部専門科目 

  • 生物学実験

    2010年4月 - 2016年3月 機関名:滋賀県立大学

     詳細を見る

    科目区分:学部専門科目 

  • 生物統計学

    2010年4月 - 2013年3月 機関名:滋賀県立大学

     詳細を見る

    科目区分:学部専門科目 

  • 栽培植物各論

    2010年4月 - 2011年3月 機関名:滋賀県立大学

     詳細を見る

    科目区分:学部専門科目 

  • 専門外書講読Ⅰ

    2010年4月 - 2011年3月 機関名:滋賀県立大学

     詳細を見る

    科目区分:学部専門科目 

  • 遺伝子工学特論

    2010年4月 - 2011年3月 機関名:滋賀県立大学

▼全件表示